"Oto przychodzę jako pielgrzym do tego sanktuarium..."Jan Paweł II,
Początkowo sanktuarium mieściło się w klasztorze Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, wznoszącym się na wzgórzu w Łagiewnikach. Klasztor ten został wybudowany w latach 1888 - 1891 z funduszy przekazanych na cele dobroczynne przez księcia Aleksandra Lubomirskiego kardynałowi krakowskiemu Albinowi Dunajewskiemu. W jednym z zabudowań klasztornych mieścił się Dom Miłosierdzia - zakład wychowawczy dla dziewcząt i kobiet potrzebujących głębokiej odnowy moralnej prowadzony przez siostry.
Podczas I wojny światowej część zespołu klasztornego została zajęta na potrzeby szpitala wojskowego, w którym siostry niosły pomoc rannym. Natomiast w okresie okupacji hitlerowskiej w klasztorze kwaterowali niemieccy żołnierze. Siostry jednak nieprzerwanie prowadziły zakład wychowawczy, a ponadto udzielały pomocy wysiedleńcom oraz prowadziły tajne nauczanie dzieci.
W okresie międzywojennym w klasztorze przebywała i zmarła siostra Faustyna Kowalska. To właśnie z jej życiem i działalnością związany jest rozwój sanktuarium. Do II wojny światowej klasztor stanowił obiekt zamknięty, natomiast po śmierci siostry Faustyny stał się on miejscem licznych pielgrzymek związanych z kultem Bożego Miłosierdzia.
W 1992 roku kaplicę Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia podniesiono do rangi Sanktuarium Bożego Miłosierdzia. Nastąpił dynamiczny rozwój sanktuarium, związany z beatyfikacją w 1993 r. oraz kanonizacją w 2000 r. siostry Faustyny Kowalskiej, a także pielgrzymkami Ojca Świętego. Łagiewniki stały się światowym centrum kultu Miłosierdzia Bożego. W obliczu tego oraz stale rosnącej liczby pielgrzymów z całego świata wybudowanie bazyliki i zaplecza duszpastersko - socjalnego stało się niezbędne.
W 1996 r. Metropolita Krakowski Franciszek kard. Macharski powołał Fundację Sanktuarium Bożego Miłosierdzia, która od początku 1997 r. gromadzi środki na rozbudowę świątyni oraz kieruje związanymi z tym pracami.
Projekt bazyliki i pozostałych obiektów został wykonany przez prof. Witolda Cęckiewicza z Politechniki Krakowskiej. W dniu 7 czerwca 1997 r. Ojciec Święty złożył swój podpis pod makietą rozbudowy sanktuarium. Natomiast 5 lat później w dniu 17 sierpnia 2002 r. Jan Paweł II konsekrował wzniesioną przy klasztorze bazylikę i zawierzył w niej cały świat Miłosierdziu Bożemu.
Ojciec Święty Jan Paweł II dwukrotnie odwiedził Sanktuarium Bożego Miłosierdzia podczas swoich pielgrzymek do Polski w 1997 r. i 2002 r. Cztery lata później w bazylice modlił się również papież Benedykt XVI. Odsłonięto wówczas pomnik Jana Pawła II.
Obecnie zespół bazyliki składa się m. in. z dwupoziomowej świątyni, wolnostojącej wieży widokowej, drogi krzyżowej z płaskorzeźbami Cz. Dźwigaja z 1996 r. oraz zaplecza duszpastersko - socjalnego, w tym parkingów i pasaży z częścią handlową.
Świątynia została wybudowana w kształcie łodzi i składa się z kościoła górnego, mogącego pomieścić około 4 tysięcy wiernych oraz części dolnej, w której nadal trwają prace wykończeniowe. W dolnej części bazyliki mieści się kaplica centralna poświęcona św. Faustynie oraz cztery boczne kaplice narodowe. W kaplicy bazyliki umieszczono czczony na całym świecie wizerunek Jezusa Miłosiernego, pod obrazem zaś spoczęły relikwie św. Faustyny Kowalskiej.
Przed świątynią znajduje się wieża widokowa o wysokości 77 m, licząca 315 schodów, z galerią widokową na poziomie 41,60 m. Wieża stanowi najwyższy punkt w Krakowie, z którego przy dobrej widoczności można zobaczyć Tatry.
Ojciec Święty Jan Paweł II dwukrotnie odwiedził Sanktuarium Bożego Miłosierdzia podczas swoich pielgrzymek do Polski w 1997 r. i 2002 r. Cztery lata później w bazylice modlił się również papież Benedykt XVI. Odsłonięto wówczas pomnik Jana Pawła II. (Więcej informacji na stronie: Papieskie Pielgrzymki do Łagiewnik).