Szlak papieski bierze początek w Pałacu Biskupów Krakowskich przy ul. Franciszkańskiej, gdzie w 1944 r. zamieszkał Karol Wojtyła, będąc studentem zakonspirowanego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. W latach późniejszych Ojciec Święty zatrzymywał się tam podczas każdej swojej pielgrzymki do Krakowa. Nad wejściem do budynku znajduje się słynne "Okno Papieskie", z którego Jan Paweł II pozdrawiał wiernych przybyłych na spotkanie z Nim. W 1980 r. na dziedzińcu odsłonięto pomnik Jana Pawła II.
Następnie szlak biegnie przez Bazylikę św. Franciszka z Asyżu, gdzie Karol Wojtyła miał "swoją" ławkę i często modlił się w czasach studenckich. Stamtąd trasa prowadzi do gmachu Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej, gdzie studiował oraz do kamienicy przy ulicy Kanoniczej, gdzie mieszkał jako biskup w latach 1958 - 1967. Obecnie mieści się tam Muzeum Archidiecezji Krakowskiej.
Kolejne miejsca na szlaku to: Bazylika Archikatedralna na Wawelu, gdzie w krypcie św. Leonarda ks. Karol Wojtyła odprawił swoje pierwsze nabożeństwo w intencji brata i zmarłych rodziców, a także Kościół na Skałce, dom Jana Tyranowskiego, gdzie przychodził jako członek Żywego Różańca, Kościół św. Stanisława Kostki XX. Salezjanów na Dębnikach, dom przy ul. Szwedzkiej oraz dom przy ul. Tynieckiej, do którego Karol Wojtyła wprowadził się wraz ze swoim ojcem w 1938 r. Z ulicy Tynieckiej szlak prowadzi do kamienia papieskiego na Błoniach. Granitowy kamień o wadze 26 ton został tam umieszczony w 19. rocznicę inauguracji pontyfikatu Jana Pawła II. Przy kamieniu papieskim odbywała się większość spotkań Ojca Świętego z wiernymi podczas Jego pielgrzymek do Polski.
Następnie szlak wiedzie do pomnika Jana Pawła II w Parku im. H. Jordana, a stamtąd do Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie w 1938 r. Karol Wojtyła rozpoczął studia polonistyczne na Wydziale Filozoficznym.
Na szlaku znajduje się również Bazylika Mariacka przy Rynku Głównym, Bazylika św. Floriana, gdzie ks. Karol Wojtyła jako wikary zainicjował działalność duszpasterstwa akademickiego, Pomnik Jana Pawła II w Parku Strzeleckim, ufundowany przez krakowskie Bractwo Kurkowe oraz grób rodziców Ojca Świętego na Cmentarzu Rakowickim.
Kolejne miejsca na szlaku to: szpital im. Jana Pawła II, poświęcony osobiście przez Ojca Świętego w 1997 r., Kościół św. Jadwigi Królowej, Kościół Matki Bożej Królowej Polski w Bieńczycach, Kościół św. Maksymiliana Marii Kolbego w Mistrzejowicach, gdzie Karol Wojtyła odprawił pierwszą pasterkę pod gołym niebem, a także Kamieniołomy na Zakrzówku, gdzie pracował w latach 1940-1941.
Na końcu szlaku papieskiego znalazło się Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach, poświęcone przez Ojca Świętego w 2002 r., dawne Zakłady Sodowe "Solvay", gdzie od 1940 r. był zatrudniony Karol Wojtyła oraz Międzynarodowy Port Lotniczy w Balicach, od 1995 r. noszący imię Jana Pawła II.